本片根據IDEA FACTORY於08年9月發行的PS2女性向戀愛冒險遊戲《薄櫻鬼——新選組奇譚》改編。
動亂的幕末時期，雪村千鶴是在江戶長大的蘭學醫者雪村綱道的女兒.父親綱道原本應該是與女兒分開後在京都工作的。可是父親突然神祕失蹤，因爲聯絡不上父親而擔心的千鶴決定女扮男裝前往京都探訪。在那裡，她所看見的是，與饑渴地尋求鮮血的妖怪所戰鬥並制伏他們的新選組的隊士們。千鶴與新選組結下了奇妙緣分，並因緣際會之下加入了新選組。在搜索失蹤父親的主人公面前，出現了神祕的刺客們，逐漸明朗化地新選組的祕密——羅剎的存在。
在狂暴的時代中，在幕末爭鬥的背後,胸中揮舞著理想與信念之刃的男人們，與黑暗的戰鬥也拉開了序幕......