故事發生在日本的江戶時代,一名神祕的男子出現在了武士桂小太郎(石田彰 配音)的面前,他手握妖刀「紅櫻」,要求試刀,這個夜晚之後,桂便下落不明。桂的寵物伊莉莎白(高松信司 配音)找到萬事屋的神樂(釘宮理惠 配音)和新八(阪口大助 配音),委託他們尋找主人的下落。同時,銀時(杉田智和)也受到委託,尋找四處作惡的紅櫻的下落。三人的線索匯聚到了一艘空中飛艇上,由於遠離警察的管轄範圍,飛艇里的惡勢力一手遮天。在那裡,銀時遇見了曾經的戰友現在的對手高杉晉助(子安武人 配音),高杉正帶領著自己的鬼兵隊企圖毀滅江戶。一面是窮凶極惡的恐怖分子,一邊是暴虐嗜血的妖刀紅櫻,身受重傷的銀時能夠平安脫險拯救江戶嗎?
此次劇場版重製了《銀魂》動畫中的《紅櫻篇》,其中,在原作中未出場的真選組也將在故事中大顯身手。