1990年,一艘巨大的飛船出現在地球上空,人們惶恐不安,卻又分外好奇。經過一段時間緊張的等待,外星飛船始終沒有動靜。人類終於小心翼翼靠近它,強行走進艙內,結果發現了不計其數的外星人。他們形容醜陋,宛如蝦子,而且健康狀況極差,虛弱無力。原來這是一羣來自外星的難民,他們最終被地球人接納,並隔離在南非約翰尼斯堡的一片區域內生活,此地名爲「第九區」。經過長達20年的繁衍,外星難民的數量擴張至180萬之多,且和周邊人類的矛盾衝突不斷,越來越多的人類呼籲將「大蝦」趕出地球。
MNU(列國同盟組織)經過磋商,決定將外星難民遷移到更爲偏遠的區域。MNU外星事務部門的特工威庫斯(Sharlto Copley 飾)專門負責搬遷工作。威庫斯在動員過程中傲慢隨意,與當地居民衝突頻頻。最終,他爲自己的行爲付出代價,外星人的神祕流體將其感染,威庫斯慢慢變成了外星人的模樣……