1990年，一艘巨大的飛船出現在地球上空，人們惶恐不安，卻又分外好奇。經過一段時間緊張的等待，外星飛船始終沒有動靜。人類終於小心翼翼靠近它，強行走進艙內，結果發現了不計其數的外星人。他們形容醜陋，宛如蝦子，而且健康狀況極差，虛弱無力。原來這是一羣來自外星的難民，他們最終被地球人接納，並隔離在南非約翰尼斯堡的一片區域內生活，此地名爲「第九區」。經過長達20年的繁衍，外星難民的數量擴張至180萬之多，且和周邊人類的矛盾衝突不斷，越來越多的人類呼籲將「大蝦」趕出地球。
MNU（列國同盟組織）經過磋商，決定將外星難民遷移到更爲偏遠的區域。MNU外星事務部門的特工威庫斯（Sharlto Copley 飾）專門負責搬遷工作。威庫斯在動員過程中傲慢隨意，與當地居民衝突頻頻。最終，他爲自己的行爲付出代價，外星人的神祕流體將其感染，威庫斯慢慢變成了外星人的模樣……