本劇以鐮池和馬所著的輕小說《魔法禁書目錄》中的人氣角色御阪美琴爲主角的外傳漫畫《科學超電磁炮》改編。
故事發生在面積占據東京都西部的三分之一,居住著230萬名人口,其中八成人口是學生的巨大都市「學園都市」。學園都市和外部隔離,研究最尖端科技。所有學生都接受超能力開發,並大都藉由藥物、催眠術與通電刺激等方式取得超能力。有各種類型不同能力,以範圍和威力分爲無能力者(Level 0)、低能力者(Level 1)、異能力者(Level 2)、強能力者(Level 3)、大能力者(Level 4)和超能力者(Level5)。故事從學園都市最強的電擊公主「超電磁炮」御阪美琴,某天認識了和黑子一樣擔任風紀委員的初春飾利開始......