在參拜母親墳墓的回程途中，真嗣（緒方惠美 配音）和葛城美里（三石琴乃 配音）遭遇了第七使徒的攻擊，關鍵時刻2號機勢如破竹挫敗對手，真嗣也由此結識了2號機的操縱者式波·明日香·蘭格蕾（宮村優子 配音）。與沉默寡言的綾波麗（林原惠美 配音）不同，明日香自信張揚，甚至有些自大，在和真嗣相處的日子裡，彼此鬧出不少的笑話。他們三人分別駕駛著零號機、初號機和2號機，抵抗了第八使徒猛烈的攻擊，在這一過程中，淡淡的情愫悄然在這三個青年男女的心中萌生。不久後，第九、十使徒相繼降臨，真嗣他們面臨著生與死的殘酷考驗……
本片爲福音戰士新劇場版四部曲第二部。