隋朝末年，天下大亂。各路諸侯，自立爲王，硝煙不斷，百姓遭殃。十三個平民百姓雖然出身不同，但都被亂世所害逼入絕境。經歷了無數的腥風血雨，他們懷著家仇國恨，循入空門。但是黑暗勢力依然不放過他們，死亡當頭，他們爲求自保，苦練武功。爲了天下太平，這十三個和尚救護明君李世民，滅掉了兇殘的王世充，演出了一曲英雄壯歌。
太尉「王世充」野心勃勃企圖篡位奪權，脅幼主「楊侗」，屠殺異己。他感到天下武林人士是他極大威脅，便下達「禁武令」；其侄子「王仁則」、義子「王仁義」武功高超，充當犬鷹。短短的一個月內，洛陽地區的武林門派如：神劍山莊、白猿聖手、霸王槍、龍爪派、銀鉤門等等，幾乎被掃除殆盡！最後的箭頭，指向與世無爭，紅塵不到的方外淨地「少林寺」。
曇宗，是少林寺的武術總教頭，武功冠絕武林，王世充爲收歸己用，命王仁則送請帖上少林，強邀曇宗前來，並設下「板凳陣」、「內功」、「機關」和「蒺藜陣」重重考驗，欲聘之爲府中「首席教頭」；無奈曇宗一心向佛，淡薄名利，婉言謝絕。但王世充並不放過，他將自己八年前，謀害江都督造「張衡」一家的滅門血案，嫁禍給了曇宗；致使張衡的長子「張天保」，背負可怕的暗器箱，夜闖少林寺，暗放毒蛇、三番兩次，要置曇宗於死地！他還買通賣藝人「佟銳」、「佟鈴」兄妹，設下奪命陷阱欲害曇宗……
爲了充填自己的金庫，王世充又假公濟私，抄了洛陽首富「高達」一家，殺掉高家36口人，吞沒所有產業，唯獨高家的浪蕩公子 「高飛揚」僥倖逃過一死。爲了報仇，高飛揚深山學藝。面對王世充的無情追殺，慌不擇路的高飛楊闖入魏王「李密」的軍營，結識憨厚的大塊頭「九斤」和一代裊雄程咬金。沒想到李密又投向了王世充。高飛揚隨「程咬金」、「秦瓊」兩位名將，以及九斤四個人，委曲求全，寄身於虎穴之中，危機環伺，他們隨時可能送命……
佟銳、佟鈴兄妹在洛陽城本以賣藝爲生；怎知被性好漁色，蠻橫的王仁則看中，處心積慮霸占佟玲，幸得樸實的農民「周錦福」相助，暫時躲過了一劫；佟玲和兄長失散，無依無靠，便住進周家，兩人耳鬢廝磨，日久生情，論及婚嫁，卻撞見了兄長。佟銳反對婚事，在這時候佟鈴，再次被王仁則所擄，抵死不從，逼得她自殺身亡；王仁則的惡行，令佟銳、周錦福痛恨不已，兩人武功雖然不濟，卻滋生報仇之心……
王世充疏於政事，聽從江湖術士「桓法嗣」之言，殘害忠良，欲奪權篡位；桓法嗣表面輔佐王世充，其實想加速其滅亡……
斯時，曇宗隱隱感覺到，烽煙四起，天下已經大亂，爲了保寺濟民，創立了「羅漢奇門棍陣」；此陣由「八卦」、「五行」組成，必須齊聚十三人。於是，曇宗邊躲避王世充追殺，邊尋覓可造之材，歷盡艱險，收錄農民周錦福、官宦子弟張天保、落魄大少高飛揚、江湖藝人佟銳、陰沉術士桓法嗣、嗜武如狂的「姚漢武」、憨直的馬弁九斤、改邪歸正的「王仁義」，以及少林寺的「僧豐」、「僧滿」、「道廣」、「智守」和曇宗本人組成了棍陣！
張天保與王世充的女兒王玉鳳青梅竹馬，自幼訂有婚約。王世充爲博得隋煬帝之寵，殺害了張衡一家。長子張天保僥倖逃脫。王世充卻別有用心的留下弟弟張天永，並改其名爲「王仁義」！……一場情人訣別、兄弟爭鬥更加殘忍。讓人刻骨銘心。
李世民爲救民於水火，領兵討伐洛陽城；王世充守城不出，兩軍隔河對峙！李世民爲達目的，率秦瓊、程咬金微服渡河刺探軍情；不料被王仁義所擒。王仁義立下大功，野心勃勃，想先成爲鄭國駙馬，再除去那王仁則，進而登上大位；最後，收拾王世充以報家仇！可惜事跡敗露……
曇宗爲了早日天下太平，便自告奮勇率領弟子，冒死潛入了洛陽城營救李世民；他們師徒十三人，衝進固若金湯的天牢，裡面機關遍布，處處要命……曇宗請纓率領弟子們，施展少林絕技，攀越城頭來到王宮勸王世充放下屠刀，立地成佛。王世充執迷不悟，命大隊的禁軍狙殺……好一場惡戰。歷史證明。沒有十三棍僧就沒有大唐王朝。
唐軍獲得空前勝利，李世民封曇宗爲「大將軍」，請他與十二僧隨之徵討！曇宗清心寡欲，不願爲官，他情願回少林寺，重整寺院，振興少林武學，其高超的情節，不僅受李世民欽佩，也令世人永遠景仰！