一年一度的七夕即將到來,東京、神奈、靜岡、長野等地卻接連發生六起連環殺人案,被害者身邊皆留下麻將牌中的七筒和奇怪暗示。由於作案範圍過大,各地警署探員紛紛聚到東京警署的專案組共同研究案情,毛利小五郎也被邀請參加,柯南則偷偷聽取了會議的內容。會後,柯南無意中聽到羣馬縣警部山村操哼唱的童謠,繼而發現有黑衣組織的成員混進警察中間。在一次圍捕行動中,柯南遇到假扮人質的Vermouth,得知近期一連串的殺人案件與存有組織內部人員資料的記憶卡有關。與此同時,潛入警察內部的間諜偷偷盜取工藤新一和柯南的指紋,新一的身份眼看被拆穿,巨大的危險正向他和身邊的人急速襲來……