獅子亞歷克斯他們在馬達加斯加的快樂故事仍在繼續。而另一邊廂，那四隻調皮搗蛋的企鵝：沉著冷靜的老大（Tom McGrath 配音）、腦瓜機靈的技術狂卡哇伊（Jeff Bennett 配音）、單純而超夢的菜鳥（James Patrick Stuart 配音）以及瘋狂危險的涼快（John DiMaggio 配音）卻回到了紐約動物園。雖然平時被關在籠中，但這根本難不住技能互補的企鵝四兄弟，在繁華的國際大都會，他們還是可以讓演一場又一場令人咋舌又拍案叫絕的大冒險。此外，超級自戀狂狐猴朱利安國王14世和大毛也告別老家，攜手到陌生的美國闖天下。動物、人類，原始、文明，彼此間發生激烈碰撞，有趣的故事接連上演……
本片爲動畫電影《馬達加斯加》的衍生劇。