某天，阿笠博士通過灰原哀邀請少年偵探團的來他的研究所。當孩子們到達時，卻得知阿笠博士被人綁架。原來，這只是博士跟大家做的小遊戲，在第一關里，他提示少年偵探們需從三個不同的方向來某一地點與之會合。這樣的考驗對柯南來說自然不成問題，但對文太、步美和光彥三人來說卻是一個大的挑戰。經過柯南的提示，三人成功找到問題的關鍵，順利抵達目的地，等待他們的則是博士的第二道問題。
另一方面，阿笠博士在設置遊戲的過程中險些遭遇車禍，結果發現司機竟是綁匪，他也因此遭到劫持。綁架遊戲弄假成真，少年偵探團最終能否成功救出博士呢？