銀河共和國的克隆軍隊與分裂聯盟的機器人軍隊交戰正炙，尤達大師派極地學徒亞蘇卡•譚諾作爲阿納金的學徒加入克里斯多菲斯星戰鬥。杜庫伯爵設計綁架了塔圖因星賈霸的幼子，絕地長老院爲了獲得銀河星系外圍的通路權，戰鬥結束後派阿納金，亞蘇卡和機器人R2帶領克隆軍隊前去拯救人質，而歐比-旺•肯諾比則去塔圖因星賈霸處商討聯盟事宜。阿納金一行在泰斯星一處寺院遭遇分裂聯盟的機器人軍隊及西斯武士阿薩基•文翠斯，儘管救回賈霸幼子，卻沒料到更大的陰謀正等待著他們。
本片是唯一一部電腦動畫「星戰」電影，也是「星戰」系列中唯一一部由華納公司發行的電影。