風景如畫、寧靜祥和的海濱小鎮，5歲男孩宗介（土井洋輝 配音）和媽媽理莎（山口智子 配音）相守度日。偶然的一天，宗介在海邊見到了一個玻璃瓶，瓶中居然還有一條美麗可愛的小金魚。金魚名叫波妞（奈良柚莉愛 配音），而她的真實身份居然是人魚女王的女兒。她偷偷離家玩耍，卻不小心被困在玻璃瓶中。宗介將波妞帶回自己家，兩個小傢伙兩小無猜，天真無邪，共同渡過了一段短暫而快樂的時光。誰知好景不長，波妞最終被帶回海底。這個小女孩無比思念好朋友宗介，於是做出了要變成人的大膽決定。
可是，這個決定卻給海濱小鎮帶來前所未有的巨大災難。