十二番隊技術開發局副局長涅繭利（中尾隆聖 配音）在實驗過程中遭到莫名襲擊，進而導致他狂性大發，摧毀實驗設備，引發巨大爆炸，致令靜靈庭嚴重受損。與此同時，黑崎一護（森田成一 配音）感知到尸魂界的巨變，他從浦原喜助（三木真一郎 配音）口中得知事件始末，於是決定動身前往尸魂界。然而，尸魂界的死神們似乎喪失了關於一護和朽木露琪亞（折笠富美子 配音）的記憶，全都將矛頭對準一護，昔日的好友變成了刀劍相向的敵人。另一方面，露琪亞也變得行蹤不明。各種奇怪的事情相繼發生，靜靈庭巨變的背後究竟隱藏著怎樣的祕密？
本片根據日本漫畫家久保帶人的同名原著改編，系該動畫的第三部劇場版。