公元2029年，未來世界是高科技與信息化的世界。人類生活水平的提高伴隨著犯罪活動的高科技化，於是，專門鎮壓高科技犯罪的特殊部隊——公安9課成立了。隊長草薙素子，作爲一位全身「義體化」的女警，帶領公安9課不斷展開行動。
是次，公安9課幫助公安6課祕密解決了一位程式設計師外逃他國的麻煩瑣事，又捲入傳說中的黑客「傀儡師」的犯罪事件。當行動陷入僵局之際，傀儡師竟然不請自來，出現在公安9課！素子與她的戰友們，不知不覺地被捲入了一場涉及政府的陰謀之中。
本作根據1995年動畫電影《GHOST IN THE SHELL》改編，系劇情不變、畫面完全重製的作品。