突襲世界的大災難「第二次衝擊」後，世界在廢墟之上重建。14歲的少年碇真嗣被父親碇元渡叫到第3新東京市。本以爲能見到父親迎接的他，卻見到名爲「使徒」的巨大生物與軍隊交火。危急之下，特務機關NERV的葛成美里將真嗣救下，並將其帶往碇元渡所統領的NERV總部。但迎接真嗣的，卻是是父親冷酷地命令：駕駛稱爲「EVA」的巨大人型機器人與使徒戰鬥。
本已表示拒絕的真嗣，看到重傷的替補駕駛員綾波麗後，決定遵從父親的命令。就這樣，從未受過作戰訓練的真嗣，準備駕駛EVA初號機迎戰使徒。
世界的命運託付在了一位年僅14歲的少年身上，而「第二次衝擊」所隱藏的「人類補完計劃」似乎也開始了行動。掌握一切答案的碇元渡，卻只是不動生色地觀察，仿佛一切早已寫入劇本。