這是一個人類和妖怪共存的世界，在妖怪的國度里，鬼太郎（溫茲瑛士 飾）和朋友們過著無憂無慮的生活。然而，某一日，封印著人類邪念的妖怪石忽然下落不明，使得整個妖界陷入了恐慌之中，這塊石頭若是落到了心術不正之徒的手中，後果恐怕不堪設想。
與此同時，一位名叫三浦健太的小學生寫信給鬼太郎，聲稱家鄉爲了修建主題公園而拆毀了稻荷神社，並因此激怒了妖怪，造成靈異事件頻發的糟糕局面。讓鬼太郎沒有想到的是，妖怪石几經輾轉，竟然落到了三浦健太的手中。貪婪邪惡的妖怪空狐一直渴望著得到妖怪石以獲得強大的力量，在妖怪石的引導之下，空狐漸漸逼近三浦健太的身邊。