正當Keroro小隊們向著第四年TV動畫進發時，其第二部劇場版《超劇場版Keroro軍曹2 深海的公主、是也！》即將於3月17日開始在日本上映。繼宣揚「友情」最高的第一彈劇場版結束之後，此次劇場版將大力宏揚偉大的家族之愛。
終於水之惑星馬隆星開始了對地球的侵略。馬隆星的末裔Meru王子和他的隨從Maru，常年2個人生活的他們決定尋重建他們的世界，於是他們開始尋找公主的候補人選。而被選中的竟然是Keroro小的隊所居住的日向家的長女，日向夏美！Keroro一行開始向著深海所在的祕密王國出發，解救被擄走的夏美。