"The 4400" tells the stories of 4,400 alien abductees after they are returned to earth. In the words of the executive producers, these are stories of people dealing with traumatic changes, driven by the mystery of what happened and why. Some of them have been affected in mysterious ways, and some will have certain abilities, both good and bad, so part of the drama will be watching them adjust to these changes within themselves.
The series kicks off with a ball of light sailing toward Earth, but rather than the expected catastrophic event, thousands of returned abductees are left with no memory of their otherworldly experiences. Each has been gone anywhere from a few months to several decades but hasn't aged a day.
在海灘事件——4400人被未來世界的人帶走又送回來，披露後一年，世界發生了巨大的變化。經過一段緊張的醫療觀測後，Tom回到了國家技術援助中心，由於能力有限，被派做文書工作。他最終保護了兒子，使其免受一個類似的政府研究，而且也爲有希望重新過上正常的生活而激動。在事業方面，他也渴望再次同Diana合作，重新回到這個領域。Diana，在同一連串無能的搭檔合作之後，最終找到毀掉公文讓Tom重回崗位的辦法，在此期間，她還正式收養了Maia。
其間，Richard，Lily，和他們的孩子——一個六個月大，不同尋常的孩子，仍然住在遠離Jordan Collier的山間小屋裡，過著粗茶淡飯的日子。Collier已經關掉了Arcadia Estates ，還有他的住宅，爲這4400人建起了避難所，同時準備開「4400人中心」，在這兒，其他人可以深入到這4400人當中，自己去發掘4400人（的奧祕）。Collier在接觸Lily的腹部之後，出現了有害的反應，Shawn治癒了他，之後他們就發展出親密的父子關係。Collier成了Shawn的監護人，並利用他醫治4400人中心的重要贊助人。
世人對4400人甚感好奇，於是關於他們的神祕能力的流言四處傳播，公衆態度分爲兩種，一種是包容他們，一種是畏懼他們。當4400人努力重新開始他們「被打斷的生活」時，每個人都會在即將發生的事件中扮演關鍵角色…那些決定人類命運的事件。