宇宙世紀 0087 年、地球圏の戦亂は混迷を極めていた。連邦軍のエリート組織「ティターンズ」と反地球連邦組織「エゥーゴ」の內戦の最中、エゥーゴを指揮する立場となったクワトロ（シャア）、ティターンズを我が物にしようと目論む「木星帰りの男」シロッコ、そして「ザビ家」復興を掲げるジオン軍殘黨「アクシズ」の指導者ハマーン・カーン。三つの勢力の地球圏の覇権を賭けた、政略と軍略が絡み合い、戦局は、巨大レーザー砲へと改造されたスペースコロニー、グリプス２を巡る最終局面へと突き進んでいく。
戦場では、人々の愛情と憎しみが交錯する。エゥーゴを離れ、ティターンズのシロッコの下へ身を寄せる女レコア。シロッコを慕いながらも、エゥーゴのカミーユたちに惹かれる少女サラ。そんな人々の想いを受け止め、Ｚガンダムは、混迷の戦場を飛ぶ。
そして、ついにカミーユは知る。Ｚガンダムの持てる力で倒すべきは誰なのかを――。戦火の果てにカミーユを待ち受ける運命は !?