人類企圖修改植物的遺傳因子，以此達到控制植物的目的，而計劃失敗，樹木則漸漸產生了思想，開始了無節制的生長，使得地球遭到了毀滅性的破壞。時間荏苒，在遭到樹木襲擊後，殘留下的人類爲求生存選擇了和森林和平相處。直至一天，阿基德（勝地涼 配音）與好友凱因（濱口優 配音）偷偷溜進了禁忌之泉取水，在那裡，阿基德發現了一個閃耀著光芒的東西，以及沉睡在其中的少女圖拉（宮崎葵 配音），阿基德喚醒了沉睡的圖拉，交談中得知她是三百年前的人類。「中立都市」的人們十分友好的款待著圖拉，但森林卻像怪獸一樣對她展開了攻擊。就在此時，與森林敵對的都市「萊克那」來了一個自稱來自過去的男人修那克（遠藤憲一 配音），聲稱圖拉是讓世界恢復的關鍵，這究竟是怎麼一回事呢？等待這他們的宿命又是什麼……