人類企圖修改植物的遺傳因子,以此達到控制植物的目的,而計劃失敗,樹木則漸漸產生了思想,開始了無節制的生長,使得地球遭到了毀滅性的破壞。時間荏苒,在遭到樹木襲擊後,殘留下的人類爲求生存選擇了和森林和平相處。直至一天,阿基德(勝地涼 配音)與好友凱因(濱口優 配音)偷偷溜進了禁忌之泉取水,在那裡,阿基德發現了一個閃耀著光芒的東西,以及沉睡在其中的少女圖拉(宮崎葵 配音),阿基德喚醒了沉睡的圖拉,交談中得知她是三百年前的人類。「中立都市」的人們十分友好的款待著圖拉,但森林卻像怪獸一樣對她展開了攻擊。就在此時,與森林敵對的都市「萊克那」來了一個自稱來自過去的男人修那克(遠藤憲一 配音),聲稱圖拉是讓世界恢復的關鍵,這究竟是怎麼一回事呢?等待這他們的宿命又是什麼……