1500年，大將軍托馬斯（休·傑克曼 Hugh Jackman 飾）奉皇后伊莎貝拉（蕾切爾·薇茲 Rachel Weisz 飾）之命前往新大陸尋找創傳說中的「生命之樹」。只要飲下一滴樹的汁液，便會獲得永生。一路歷盡千辛萬苦，終於到達了一座輝煌的隱蔽之地，看到了永生難忘的奇異景象。
2000年，腦癌專家湯米（休·傑克曼 Hugh Jackman 飾）急切爲患腦癌的妻子麗茲（蕾切爾·薇茲 Rachel Weisz 飾）尋找良藥。研究小組從南美洲叢林裡帶回了一株奇異的樹種標本，在提煉藥物用於黑猩猩實驗時奇蹟般地產生了效果。
2500年湯姆•乘坐著用思想控制的透明圓球飛船中，穿梭於太空宇宙。遼闊的星際間，身邊卻只有那棵已快死亡的古樹，他無時無刻不回想著關於麗茲的記憶。
千年的奔湧時空裡，苦苦尋覓的一直是生命的真諦……