南宋端平元年，一場突如其來的洪水，竟使一個足以讓南宋王朝頓然崩潰的驚天祕聞浮出了水面，就像一個蓄禍時久的惡瘤的急性發作，牽動著偏安朝庭的每一根神經都爲之震顫！
事發源頭是在河流交錯的災區湖州……
當年《太平縣冤案》的主人公，正是今天被湖州百姓稱作「獨臂青天」的曹墨。此時的曹墨正處在生死榮辱的節骨眼上：就在百姓慶幸及時轉移逃過一劫而齊唰唰地跪倒在這位「獨臂青天」的面前，感恩聲震天動地之際，一隊御史台的監察官兵卻將曹墨推上了囚車，押解進京聽審。
御史台會同刑、吏、戶三部會審後，判曹墨以嚴重瀆職之罪。
曹墨的妻子玉娘因爲丈夫被冤而來求助宋大人。
宋慈聽了玉娘的陳述，不禁問：既然朝庭的幾十萬兩災銀根本沒有如數下撥到湖州府，御史台會同刑、吏、戶三堂會審時，曹墨緣何閉口不作申辯？
理宗皇帝在殿審中也在問曹墨同樣的問題。而曹墨跪伏在金階之下，一副寧死不作申辯的忠貞之色。理宗從曹墨的神色中似乎看出點微妙，不禁悚然動心，對這位殘臂忠臣頓生一番別樣的股肱之情。君臣心照不宣。理宗爲找一個體面的理由保全曹墨，便讓他去收拾湖州災後殘局，戴罪立功。
聖上作出如此聖栽，引起了朝中高層的種種猜測，而最心知肚明的是戶部尚書史遜。此公乃已故宰相史彌遠之堂侄。史彌遠是南宋一代奸相，朝野盡知，而理宗卻對他百般依從，緣在他們之間另有一層朝中老臣們心知肚明，卻絕不會妄議一字的特殊關係。人都以爲史遜官及一品，靠的是他堂叔史彌遠的關係，卻不知史遜絕非等閒之輩，就在朝野吵吵嚷嚷要求追查修堤銀子，嚴懲貪贓瀆職官員的時候，這位真正侵吞了數十萬兩工程銀子的當事人卻處亂不驚。他仗得並非是堂叔的餘威，而是他在堂叔彌留之際，不擇手段地竊取的一張王牌！憑著這張王牌，整個大宋朝都不得不對他有所顧忌。
史遜當作護身符一樣拿捏在手的祕密，卻因湖州那場大水露出了冰山一角——水退後的荒冢露出一付森森白骨！
荒野白骨司空見慣，而這具白骨至所以能幾乎掀翻大宋王朝，是因爲白骨身上有一枚只有皇家宗室子弟才有的玉佩。
曹墨深感此事重大，命衙役去請來了告老知府。不料這位八十高齡的老人顫顫巍巍地趕到現場，只看一眼，就當場昏死過去，從此開不了口，說不了話，但誰都知道他肚子裡藏著個天大的祕密……
經宋慈的戡驗，屍骨身份被漸漸引向十幾年前在湖州病死的曾經被先帝立爲皇太子的宗室子弟趙閎。而當時趙閎在湖州病死之後，是運回宋室皇陵安葬的，而他的玉佩怎麼會在荒冢野屍身上？爲查明真相，宋慈請旨要對趙閎的靈墓開棺驗屍。此議一出，朝野譁然，自古以來，有誰敢在皇陵動土？！
宋府上下也爲之驚出一身冷汗。捕頭王和英姑跪阻在宋慈跟前，聲淚俱下地力勸宋慈放棄開棺，以免使宋家老少幾十口枉遭滿門抄斬。而第一個挺身而出的是年高七旬的宋老夫人。宋老夫人讓家人取來麻繩，自縛雙手，率宋家老少，齊齊跪在皇陵前，爲兒子開棺作保，如果開棺驗屍無果，宋家幾十顆人頭就將用來罪祭皇陵。
這一震驚朝野的開棺，果然驗出驚天祕事——當年的皇太子趙閎墓內的白骨，竟是一具假冒的女屍！
這一駭人聽聞的結果一下子撥動了朝野上下的每一根神經……
朝庭在搖晃，神經在震顫。大臣們難料事態發展，乾脆託病的託病，丁優的丁優，一個個都退避在暗處靜觀事態。
滿朝上下似乎只有兩位大臣還在忙著公務，一位當然是宋提刑，另一位則是爲人剛直的御史台王御史。二人三番上殿面君，都因聖上龍體欠安而被拒之門外。
宋慈雖然開棺驗出一個驚天祕聞，卻因當年主持趙閎下葬的宰相史彌遠早已死無查證而使皇室謎案陷於山窮水盡；
而那位血氣方剛的王御史似乎算不得官場老道，還在一味地要將湖州修堤銀兩案一查到底。既然聖上讓曹墨戴罪立功，這位監察御史便換上便服，要在暗中訪一訪這位「獨臂青天」究竟是清是混。不料他一到湖州，滿耳聽到的都是百姓對曹墨的歌功頌德。他推行了「濟糶法」使災後的湖州百姓得以重整家園。這位前日力貶曹知府的王御史轉而又上本力薦曹墨。多日不理朝政的理宗接到王御史的奏本後，一躍而起，深夜將曹墨召進宮去，君臣促膝密談一夜。
一直不做申辯的曹墨，終於向王御史吐露隱衷。而他舉報侵吞幾十萬兩朝庭災銀的不是戶部尚書史遜，而是戶部侍郎李佑淳。御史台果然從李府搜出了上萬兩加蓋朝庭印的銀綻，李佑淳依律被判斬刑。但王御史總覺得此案有些蹊蹺。無奈聖旨已下，李侍郎血濺法場。
當天，曹墨登門拜訪恩公宋慈，不料宋慈拒而不見！英姑問其由，宋慈沉吟不語——和王御史一樣，宋慈也對李侍郎遭斬心有疑問。借送曹墨出門之際，英姑充分施展了她的機智靈敏，和曹墨一番敘舊、論今，談得甚是投緣，待曹墨忽然意識到失言，天機已然洩露。
奇怪的是，斬了李佑淳，平息了朝庭災銀案之後，理宗又開始上朝了。而早朝的第一問就是宋提刑對趙閎假屍案的調查進展。宋慈如實奏以並無進展。當著滿朝文武，理宗竟淚流滿面，哀聲痛哭趙閎，滿朝文武相陪揮淚，一時間，金殿之上哀聲一片……
與此同時，皇城河坊街的一處酒樓上，來了那位退隱多年，又忽然現身的老臣。一幫身份不明者，將這位老臣恭迎上樓。門開處，屋內坐著那位還了俗的和尚，老臣一見，口呼一聲「聖上……」，便雙膝一跪，哭倒在地；而那位還了俗的和尚，卻是一臉的痛苦之狀。
湖州小蓮莊內發生了一起謀殺案，被害人是位中風在牀多年的老人，宋慈派英姑和捕頭王前去驗屍。英姑以爲一個中風在牀多年的老人慘遭謀殺，其中一定另有原因。捕頭王經現場戡驗，忽然發現兇手的目標原是與被害人相鄰而居，那位在荒冢看了一眼白骨就從此失語的告老知縣。兩家相鄰，兇手陰錯陽差，誤殺了無辜——英姑從死者屋裡發現一張字據，細辯字跡，不禁驚出一聲冷汗！
宋慈聽了英姑、捕頭王的稟報後，覺得有人要殺胸藏祕密的告老知縣，趙閎屍骨案似乎又有了線索。宋慈忽然叫一聲「哎呀！」起身上馬，率捕頭王趕到湖州小蓮莊，誰知還是遲到一步。曹墨告訴宋慈，老知府不見了！宋慈再次陷於絕境！
其實，此案本來是有線索的，那就是兇手遺落在現場的那張字據。這是一張左手書寫的字據！但字據卻被英姑暗暗藏匿了！英姑之所以這麼做，爲的是她必須要搶在宋慈之前弄清那個深不可測的事實真相。而疑點正是在曹墨身上。
幾天後，就在臨安城內最豪華的那家酒店，又發生了一樁兇殺迷案，死者正是官居一品的戶部尚書史遜。
宋慈就以酒店現場作審案公堂，把所有涉案人員集中到這家酒店，一一詢問。幾撥人似乎都具有謀殺的動機，卻人人都缺乏殺人的時機。捕頭王將一瘸腿疑犯捉拿歸案，酒店裡又有多人旁證半夜聽到過瘸腿一重一輕的腳步聲。那瘸腿卻也爽口承認自已是想來殺人，但來遲一步，讓人下了先手！宋慈經現場戡驗，發現疑跡，卻不動聲色，展開他那嚴絲合縫的推理，而在推理中，又故意漏掉一個重要細節，而指出這一漏洞而使宋慈陷入「尷尬」的這個人正是曹墨！宋慈臉上先是驚疑，漸漸露出了小計得逞的笑容——而這一切，都被英姑收入眼底！
當英姑知道宋慈懷疑曹墨後，權衡利弊，幫助曹墨掩蓋了真相，也正是深得宋提刑真傳的英姑，她設下的調包計，果然使宋慈一時沒能識破——然而，宋提刑必竟技高一籌，英姑的一個十分微妙的眼神，使宋慈疑竇頓起，從而揭示了真相，宋慈震憾不已——一個他自以爲最信得過的知已，竟成了他最大的對手。宋提刑無法接受這殘酷的事實——英姑自知無法再向宋慈隱瞞真相，聲淚俱下地將她的一片善意和盤訴出：英姑至所以這麼做，只是爲了掐斷線索，而使本案無果而終，免使宋慈陷入萬劫不復的深淵。
曹墨這一關攻破後，案情便顯露真相：宋慈將全部調查結果聯繫起來，縝密推理，禁不住驚出了一身的冷汗——這一系列謀殺案的真正幕後人正是至高無上的聖上！
的手段？原因在於潛藏在案子背後的一個龐大人背景——時光退到了二十年前，當時寧宗皇帝病危之時，權臣史彌遠爲首的一黨精心策劃了一起調包計——廢了先帝欽定的皇位繼承人趙閎，扶起了這位選自平民的趙與莒，而這位被史彌遠一手扶上皇位的理宗皇帝，就像一個被人牽在手上的傀儡，整個大宋朝的皇權都旁落在史彌遠一黨之手。直到史彌遠死後，理宗才得以親政，然而，在那個十分脆弱的偏安王朝，這個祕密就象隨時起爆的炸彈，也是理宗理不直氣不壯的心病……
宋慈決意冒險去見聖上，但這無疑是自取滅亡。宋氏家人跪滿一院，拼死也不讓老爺輕舉妄動。
突然一聲喝，宋老夫人再次挺身而出支持了兒子。老人家說爲了宋室王朝能渡過這場危機，宋家區區幾十口，又何以足道！老夫人再次自縛爲兒子作保。如果兒子能從宮中回來，則大宋得安，如若不然，宋家幾十口老少將以死諫君！忠義老夫人，宛若當年岳母再世，感天動地！
在母親的鼓勵下，宋慈毅然進宮……
不出所料，理宗聽了宋慈對案情的奏報，龍顏大怒——好一場爭鬥！最終理宗賜宋慈一杯酒，宋慈說這可是杯下了孔雀膽的毒酒，但君要臣死，臣不得不死，宋某不會不喝。理宗聞言阻道：「慢！君要臣死，臣不得不死？這麼說你其實還是把我當君？」宋慈說出一番道理，竟讓一個至高無上的君王在一個大臣面前失聲痛哭……
宋慈走出聖宮，心裡念著麻繩縛身的老母親，快步如飛地趕回府上，對著老母雙膝跪下。不想老母竟無應聲，呼之再呼，又一代胸懷大義的岳母早已撒手人寰，蒼天爲之落淚！
麗正門前，久無鼓聲的登聞鼓院的大鼓，忽然被人敲得震天介響。皇帝坐朝，百官入殿。所有的目光都投向朝門外，宋慈著一身孝服，穩步上殿。當著滿朝百官，宋慈將全案始未一一道來，並將那個不是祕密的祕密公開宣講，使一個因自慚出身低微而挺不起腰杆的皇帝終於如釋重負。而那位「獨臂青天」曹墨則以謀殺人命而被判以極刑！
曹墨受刑那天，宋慈換便服去探了監，二人敘舊論今，談吐投機。宋慈忽然道：當年宋某爲你平冤，硬是從法場救回你一條命！如今卻是宋某親手將你送上法場，你覺得冤嗎？曹墨笑道：「以曹某一條命，換得大宋久安，生爲人臣，何冤之有！」
宋慈感慨萬千……
一位至高無上的皇帝，要想殺個人，何用採取如此卑劣