李時珍（林文龍 飾）自由沉迷於草藥研究之中，他同名爲吳慕榕（李詩韻 飾）的女子先前已有婚約，卻無法自持的愛上了善良美麗的阿冬（葉璇 飾）。李時珍決定將這份感情埋藏在心底，待科舉考試之後向阿冬表白心意，哪知道在陰差陽錯之中，他不僅沒能夠表白，還娶了吳慕榕爲妻。
李時珍發現當今世上的醫書錯誤連連漏洞百出，於是起了編撰《本草綱目》的念頭。然而，他卻因爲個性過於耿直而得罪了權貴，使得他不得不暫時中斷了醫書的編撰，還性命不保踏上了逃亡的旅途。所幸有太醫院的龐憲（馬國明 飾）一路幫助扶持，李時珍終於完成了曠世奇作《本草綱目》。