故事發生在遙遠的未來，肆虐的異生獸給人類的安全帶來了巨大的困擾，爲了抵擋異獸的進攻，日本政府成立了防衛組織TLT，其中，夜襲隊擁有著最強大的實力和最強勁的武器，是整個組織內部的中堅力量。
然而，面對經過了進化的新型異生獸，夜襲隊亦束手無策，在這個節骨眼上，光之巨人奈克瑟斯奧特曼和它的適能者姫矢准（桐島優介 飾）出現了。在奈克瑟斯奧特曼創造出的美塔領域中，奧特曼和異獸之間展開了激烈的鬥爭。孤門一輝（川久保拓司 飾）是TLT里的新進成員，當他目睹了奈克瑟斯奧特曼強大的力量後，開始對奧特曼的起源和姬矢準的神祕過往產生了興趣。