據說基拉祈只有一千年才會醒來一次，吸收千年彗星的力量，反哺給大地，從而使得法恩斯成爲欣欣向榮的聖地。但就在這次甦醒前夕，魔術師巴特勒與他的女友兼助手黛安，將包裹基拉祈的結晶發掘並從法恩斯帶走。
爲了觀看千年彗星出現的那一瞬間，小智一行人前往將舉辦千年彗星慶典的遊樂場。當他們跑到指南上所描述的地點時，卻失望地發現這裡是一片荒涼的空地。由於天色已晚，他們便在這裡吃晚飯，並決定在此露營過夜。深夜，當大家都在睡夢中時，一羣車隊從山的那頭駛過來，驚醒了小智一行人。在遊樂場的小市上，小遙買下了一款掛飾「圓夢之星」，據說，在可以看見千年彗星的七天之間，每天晚上都默念願望，折入一個星星的角，等第七個夜晚結束的時候願望必定會達成。小智和小勝意外成爲了魔術師巴特勒的幸運觀衆（因爲小勝聽到了黛安手中結晶發出聲音而跑向舞台）。巴特勒告知小勝是吉拉祈發出了聲音，隨後將結晶託付給了小勝。在遠方一片森林深處，岩石發出了綠光，這些綠光聚集到小勝眼前的結晶。結晶的光芒愈加耀眼，它漂浮到空中，在白色的光輝中伸展出許多白色線條，同時慢慢變形。待白光褪去，結晶已經變成了基拉祈。希望基拉祈真的能實現願望，小勝向基拉祈許願，希望得到糖果，糖果隨即出現——但事實上基拉祈僅僅使用了瞬間轉移從小市搬來了糖果，並沒有創造它們。
巴特勒的野心隨即揭曉：他本是岩漿團的成員，致力於復活超古代神奇寶貝固拉多。他研發出了完美的系統，但無法找到足夠的能源支持；爲此，他企圖利用基拉祈吸收的能量來滿足自己的目的。預見了潛在危險的阿勃梭魯——其出現往往昭示著災難——帶領黛安和小智一行啓程趕回法恩斯。在基拉祈回歸沉睡的前一天，小勝爲即將失去一位朋友而感到失落，所以小智講述了自己的朋友之一——小霞的故事，並說即便二人再難見面，但二人的友誼長存。在一行人趕到之前，巴特勒追趕而至，奪走了基拉祈並嘗試獲取能量。巴特勒的計劃實施後，一隻假固拉多被創造出來，後者開始將法恩斯化爲荒蕪，殺死了身周的植物，並不斷吸收所有活著的生物。當戴安被假固拉多吞沒之時，巴特勒終於認識到二人的感情才是最重要的，在小智與小勝的幫助之下，巴特勒終止了進程，假固拉多融化並最終消逝。
基拉祈重新吸收了創造出固拉多的能量，並陷入了千年沉睡。小遙因爲過度興奮，忘記了折入最後一個星星的角。儘管小遙從未表明自己的願望，她堅信這願望定會成真。