來自異次元的種族MU占領了東京，並將城市隱藏在巨大的防護壁之後，他們欺騙在東京生活的人們他們已經成爲世界上僅存的人類。在防護壁之外，名爲「TERRA」的反MU組織聲勢漸漸壯大。某日，在同MU激烈交火之時，一位名爲神名綾人（下野紘 配音）的平凡少年意外的來到了位於東京灣的地下神殿之中，在這裡，綾人見到了巨型機器人「Rahxephon」，並且成爲了它的駕駛者。
在神祕女子的紫東遙（久川綾 配音）的帶領下，綾人來到了防護壁之外，加入了TERRA，並且在那裡遇見了名爲如月久遠（桑島法子 配音）的女子。MU組織對TERRA發起了進攻，當TERRA的存亡陷入危機之中時，綾人再一次駕駛著Rahxephon，成爲了這個組織的救世主。