照常進行修業之旅的小智（松本梨香 配音）、小剛（上田祐司 配音）、小霞（飯塚雅弓 配音）一行輾轉來到水之都奧多馬雷參加緊張刺激的水上競賽。奧多馬雷流傳著一個精彩的傳說，在很久很久以前，島上的老夫婦撿到一對孤兒兄妹，當邪魔出現時，兩兄妹化作威力強大的神奇寶貝拉帝歐斯和拉帝亞斯，他們擊敗邪魔，並賜予奧多馬雷人民名爲「心靈水滴」的寶石作爲守護。時至今日，神聖的心靈之滴卻引起一對盜賊姐妹（釋由美子 配音）的垂涎。她們在追蹤妹妹拉帝亞斯（折笠富美子 配音）時遭遇小智並受挫，貪慾將帶給水都史無前例的災難……
本片爲神奇寶貝系列第五部電影劇場版。