隨著科技的發展，人類發明了能偵察人的腦電波的「聰明」的機器人――「先知」。「先知」能偵察出人的犯罪企圖，所以在罪犯犯罪之前，就已經被犯罪預防組織的警察逮捕並獲刑。
喬恩（湯姆•克魯斯 Tom Cruise 飾）就是犯罪預防組織的一個主管。在一次通過「先知」成功阻止了一起因外遇引起的雙人命案之後，喬恩隱約感到了這一套完美的預防犯罪系統中隱含的祕密，那就是少數派報告。原來，共有三個「先知」一起判定一個人是否有殺人企圖。當出現分歧時，按少數服從多數原則定案，但最後若證明少數那一方是正確的話，則會祕密保存一份少數派報告。
喬恩一覺醒來，突然發現自己已是昔日同事的抓捕對象。喬恩唯一的出路就是找到能證明自己清白的那份少數派報告……