在一個陽光明媚的日子裡，草帽海賊團的夥伴們正在某個海灘悠閒度假。然而泊在岸邊黃金梅利號就在他們鼻子底下被人偷走。一個禮拜後，他們仍舊灰溜溜地在海上漂泊。正在爲難之時，路修等人遇見小毛賊博洛德和阿基斯。這二人正打算前往發條島盜取名貴的鑽石鐘，而黃金梅利號很可能就是盤踞島上的撲克牌海賊團所竊。不久他們遇見撲克牌海賊團的船隊，然首次交手便告失利，娜美更被對方虜去。爲了找回船和同伴，並得到鑽石鐘，草帽海賊團與盜賊兄弟燃氣鬥志，向發條島挺進……
本片根據日本漫畫家尾田榮一郎的同名原著改編，是2001年上映的第二部動畫劇場版，尾田同時擔任作畫監督。