希臘哲學家柏拉圖曾經在公元前360年兩度在他的著作【對話錄】提及亞特蘭提斯這個文明——「在一個分不清楚晝夜的晚上，亞特蘭提斯沉入了深海。」
1914年華盛頓的市立博物館裡，年輕的男主角邁羅是一位語言學家，對於亞特蘭提斯的傳說深信不已。邁羅希望自己能像祖父一樣成爲一位偉大的探險家。在得不到博物館的資金贊助下，突然出現一位祖父生前怪怪的好友願意提供邁羅資金，讓他去探索亞特蘭提斯存在的真假。
邁羅領著專家組成最頂尖的探險隊，出發前往深海尋找亞特蘭提斯城。萬萬沒想到，亞特蘭提斯人居然仍然生活在地底的世界裡。在亞特蘭提斯的國度里，邁羅與探險隊見到了亞特蘭提斯二萬歲高齡的國王以及八千五百歲的姬妲公主，他們對亞特蘭提斯文明的未來感到憂慮，公主希望探險隊可以幫助她的王國重新找回動力。不料整支探險隊伍除了邁羅之外全都心懷不軌，他們全是爲了金錢財富而來。
探險隊準備將公主綁架走，而姬妲公主是亞特蘭提斯城生命的源頭。此時邁羅必須依靠一己之力在亞特蘭提斯人民的幫助下將公主救回。