快樂的暑假開始了，啓人（津村真琴 配音）爲了掃墓來到了風光秀麗的沖繩，在海邊，他和阿海（佐伯鵬 配音）一起救下了一位名爲美波（三石琴乃 配音）的少女，後者遭到了數碼獸的攻擊，這些數碼獸的目標，似乎是美波所攜帶的一台筆記本電腦，在電腦里究竟隱藏了怎樣的祕密？讓啓人感到意外的是，美波的遇險催生了數碼寶貝石獅獸（津久井教生 配音）的誕生，它的使命爲何？
啓人發現，在風靡全球的電子寵物V-Pet背後，隱藏著一個驚人的祕密，貪婪邪惡的曼法斯獸企圖通過虛擬的數碼獸摧毀人類世界，實現它建立數碼世界的野心。面對強大的對手，啓人和朋友們該何去何從？