快樂的暑假開始了,啓人(津村真琴 配音)爲了掃墓來到了風光秀麗的沖繩,在海邊,他和阿海(佐伯鵬 配音)一起救下了一位名爲美波(三石琴乃 配音)的少女,後者遭到了數碼獸的攻擊,這些數碼獸的目標,似乎是美波所攜帶的一台筆記本電腦,在電腦里究竟隱藏了怎樣的祕密?讓啓人感到意外的是,美波的遇險催生了數碼寶貝石獅獸(津久井教生 配音)的誕生,它的使命爲何?
啓人發現,在風靡全球的電子寵物V-Pet背後,隱藏著一個驚人的祕密,貪婪邪惡的曼法斯獸企圖通過虛擬的數碼獸摧毀人類世界,實現它建立數碼世界的野心。面對強大的對手,啓人和朋友們該何去何從?