某日，雙葉幼稚園的孩子們正在船屋裡愉快的玩耍，一位名叫美色（三石琴乃 配音）的神祕人物忽然現身，緊接著，一艘巨大的飛船將船屋整個抓了起來，來不及逃跑的風間（真柴摩利 配音）和小新（矢島晶子 配音）等人和飛船一起消失在了空中。
小新的失蹤令美伢（楢橋美紀 配音）和廣志（藤原啓治 配音）感到十分焦急，就在此時，一名代號肌肉（玄田哲章 配音）的男子出現在了兩人的身邊，很顯然，肌肉知道小新的下落和整件事情的來龍去脈，但肌肉並不願意帶著美伢和廣志去尋找小新。追尋著細微的線索，美伢和廣志得知小新身在香港，兩人前往香港，在那裡又遇見了肌肉，一行人前往神祕組織「豬蹄組」的老巢。