被人類用基因技術克隆出來的最強寵物小精靈超夢（市村正親 配音）帶著對自我身份的疑惑和對人類強大的憤怒逃離了科研所，它宣布要對製造出自己的人類進行復仇。
已經得到了八個勳章的小智（松本梨香 配音），以成爲寵物小精靈訓練大師爲目標而不斷的旅行，他帶著皮卡丘（大谷育江 配音）和同伴小霞（飯冢雅弓 配音）小剛（上田佑司 配音）剛結束了和訓練家的對戰，接著收到了一封神祕人的邀請函，邀請他們參加世上最強的小精靈訓練家的宴會。地點是新島寵物小精靈城，這是最強訓練家的邀請。他們很痛快的答應了，小智一行人穿過了狂風暴雨的海岸終於到達了新島。一位叫喬伊的醫生帶領他們來到了寵物小精靈城，介紹最強的寵物小精靈訓練家出場。沒想到出現在大家面前的竟然是超夢。超夢的報復究竟是什麼呢，一場大戰即將開始......