《深空九號》的設想萌發於1991年，就在吉恩·羅登伯里逝世之前不久。《深空九號》的故事發生在一座太空站深空九號上（前卡達西人採礦站「Terok Nor」），由星際聯邦和貝久政府共同管理，而貝久星不久前才剛從卡達西人的殖民統治中解放。根據作者之一的伯曼介紹，他和皮勒本來設想的是以一個殖民地行星爲故事背景，但是他們認爲一個太空站可以吸引更多的觀衆，並節省更多用於外景和星球表面上拍攝的資金；與此同時，他們也十分不希望這個新電視劇是發生在星艦上的，因爲當時《下一代》仍然在播放中。用伯曼的話說，就是「同時有兩部電視劇——兩組角色——都在朝著前人所未至的領域進軍，看起來真有些荒謬可笑。」 [1]
在《深空九號》的首集中，太空站就從貝久星的軌道上移動到了不遠處發現的貝久蟲洞附近。這個蟲洞通往了遙遠、未知的第三象限，隨之不久，深空九號就成爲了新的星際貿易、探索中心，具有重大的戰略價值，並且最終成爲了戰爭的前線。
《深空九號》同其他《星際旅行》系列的不同之處，在於其連續幾集甚至一個季度的劇情。而其以前的《星際旅行》電視劇，常常是在每一集結束後儘量減小甚至消除它的影響，使其他各集可以脫離這一集的劇情獨自製播。但是《深空九號》則不相同，它某一集的劇情通常與上一集相銜接的。有時候一個故事情節甚至會連續上許多集，並環環相扣。這個現象在在整部電視劇後期尤爲明顯，這使得整部電視劇看起來似乎是刻意地被做得像連續劇。 這種方式加強了整個劇情的表現力，讓角色和劇情都得以充分發展。
主要角色內部的人性衝突（例如道德和紀律，自我和集體的選擇）在羅登伯里監製的兩部星際旅行電視劇——《星際旅行：初代》與《星際旅行：下一代》中都是極力避免的，但是在《深空九號》中卻成爲了劇情的主要組成部分。這是由《下一代》的編劇們建議的（他們中的大多數也參與了《深空九號》的編劇），他們認爲那樣的設定限制了他們寫一些精彩故事的能力。用皮勒的話說，「來自不同地域的人們——無論是多麼的可敬與高貴——很自然的會有一些衝突」。