《新世紀福音戰士》電影版第1部。分爲「DEATH篇（死亡篇）」與「REBIRTH篇（新生篇）」兩個部分。「死亡篇」以原TV版動畫第1集到第24集的內容爲基礎，重新剪輯了一個總結篇。「新生篇」內容承接第24集內容：
第十七使徒被消滅後，SEELE向NERV下達命令，要EVA初號機負責執行「人類補完計劃」。然而碇元度不認同SEELE的做法，拒絕執行。SEELE認定這是一種叛變的行爲，決定把NERV徹底消滅。
破曉時分，NERV本部突然遭到來自戰略自衛隊的襲擊，他們對NERV的人員進行了慘無人道的大屠殺。爲了保護駕駛員，葛城美里命令把精神崩潰的明日香送上二號機，並放在湖底的深處，自已就親自去救碇真嗣 。但此時的碇真嗣已經處在精神崩潰的邊緣。