1997年，作爲聯合國選出的「十大未來領袖」之一的靳鐵生博士（劉德華 飾）正陷入了一場謀殺陰謀，其他幾位未來領袖先後身亡，期間全港通訊出現故障，有人死於人體爆炸……警方迅速展開對靳鐵生的保護，然而靳鐵生仍然沉浸在失去女友Adele（李嘉欣 飾）的痛苦之中，他拒絕了英國MI6部門的保護，要求自己的小學同學——CID焦大鵬（黃秋生 飾）貼身陪伴自己。隨著焦大鵬和MI6的調查深入，衆多嫌疑對象被一一排除，然而靳鐵生再次遭遇怪事——死去的Adele送給他一張卡片，卡上正是一位MI6重重保護中的人物的地址，而此人很快消失無蹤。警方侵入某日本網絡系統，獲得了一連串事件背後策劃者的部分信息——他們關注了大量各宗教經典中對於世界末日的描述。這時，Adele再次出現，留給靳、焦兩人前往布拉格機票，在那裡，也許有所有問題的答案……