鯨魚威利回到了屬於自己的家園，而傑西（傑森·詹姆斯·里希特 Jason James Richter 飾）亦已經長大，成爲了一名海岸科考隊隊員，可是，他們之間的故事並沒有完結。男孩麥克斯（Vincent Berry 飾）的父親約翰（派屈克·基爾派屈克 Patrick Kilpatrick 飾）是一名非法捕鯨手，有時候，當他穿梭在驚濤駭浪之中追隨著鯨魚的身影之時，會將麥克斯帶在身邊，這令麥克斯對鯨魚的感情十分矛盾。
一次捕鯨行動中，麥克斯和父親闖入了威利的領地，處境十分危急，在生死攸關的緊要關頭，傑西出現化解了危機。這場意外令麥克斯逐漸了解了父親所作所爲帶來的危害，可是約翰依舊我行我素。又一次，約翰在行動中落入海中生死垂危，威利不計前嫌挺身而出，救下了約翰。