鯨魚威利回到了屬於自己的家園,而傑西(傑森·詹姆斯·里希特 Jason James Richter 飾)亦已經長大,成爲了一名海岸科考隊隊員,可是,他們之間的故事並沒有完結。男孩麥克斯(Vincent Berry 飾)的父親約翰(派屈克·基爾派屈克 Patrick Kilpatrick 飾)是一名非法捕鯨手,有時候,當他穿梭在驚濤駭浪之中追隨著鯨魚的身影之時,會將麥克斯帶在身邊,這令麥克斯對鯨魚的感情十分矛盾。
一次捕鯨行動中,麥克斯和父親闖入了威利的領地,處境十分危急,在生死攸關的緊要關頭,傑西出現化解了危機。這場意外令麥克斯逐漸了解了父親所作所爲帶來的危害,可是約翰依舊我行我素。又一次,約翰在行動中落入海中生死垂危,威利不計前嫌挺身而出,救下了約翰。