靜靜的宇宙，一艘名叫「貝蒂」的太空船正在飛向「御夫座」星球。船上躺著數十個被麻醉凍僵了的地球人，他們全然不知即將到來的災難。原來，喪盡天良的軍方和商人將這些人誘拐過來，要送到「御夫座」上孵化異形女皇兩百年前生下的蛋。
雷普莉（西格妮•韋弗 Sigourney Weaver 飾）已成爲了異形女皇生下的轉世爲人的異形人。她的基因裡帶上了異形的基因，變得特別強壯、忽明忽暗，成了「雙面人」。「貝蒂」上有個叫考爾（維諾娜•賴德 Winona Ryder 飾）的年輕女人，正在設法破壞孵化異形蛋計劃。當「貝蒂」來到「御夫座」，意想不到的情形發生了！