汽車人和霸天虎的戰鬥綿亘了幾個世紀都未曾結束，而他們的後代——巨無霸和原始獸，更將新一輪的戰鬥推向了史前時代。在尋找新能源的途中，霸王龍（David Kaye 配音）指揮原始獸通過時空跳躍來到史前地球，而巨無霸也在擎天聖（Garry Chalk 配音）的帶領下尾隨而至。雙方的拉鋸戰仍在繼續，不久連早已盤踞在該星球的外星人沃克人也捲入其中。而穿越時空者身上承載的未來的信息，讓外星人大爲驚恐，由此使得戰鬥更加激烈。在此之後，霸王龍發現了汽車人留在地球的戰艦方舟號，爲了改變霸天虎戰敗的歷史，他們試圖摧毀處在沉睡中的擎天柱。
攸關全宇宙命運的戰鬥，在遠古時代提前拉開了序幕……