行駛於太平洋上的運輸船海龍丸遭遇奇怪的環礁，保險公司的草薙直哉（小野寺昭 飾）和海上保安廳的米森良成（伊原剛志 飾）奉命前去調查。他們在環礁上發現了神祕的碑文和飾品，不久，環礁發生劇烈抖動，俄而竟化作一隻巨龜，互相飛向空中。另一方面，位於九州的姫神島嶼大陸失去聯繫。鳥類學家長峯真弓（中山忍 飾）與刑警大迫力（螢雪次朗 飾）前去尋找失蹤的平田教授，卻在當地遭遇三隻以人類爲食的巨型怪鳥。在內閣的授意下，自衛隊對怪鳥展開圍捕，而就在這個恐慌的夜晚，巨龜也出現在陸地上，與怪鳥展開驚天動地的搏殺……
本片榮獲第17屆橫濱電影節最佳導演、最佳女配角（中山忍）、最佳腳本和最佳技術四項大獎；第19屆日本電影學院獎最佳女配角獎；1995年電影旬報十佳影片第6名，也是80年來唯一一部入選旬報十佳的怪獸電影。