孩子眼中的世界在這部電影裡美妙的展開,父母雙亡的小瑪麗(凱特·馬伯里 Kate Maberly飾)來到蘇格蘭的親戚家住了下來。這是個美麗而又有點神祕的莊園,尤其是祕密花園更是瑪麗心中的一個大謎團。原來,瑪麗的姨母曾經在自己這個花園的千秋上喪命,姨父便從此緊鎖了花園大門。
無意中發現了鑰匙的瑪麗打開了花園的大門。從此,花園成爲了瑪麗與大自然水乳交融的聖地。瑪麗還帶上了長期坐在輪椅上的表弟科林(海登·普勞斯 Heydon Prowse飾),他本來封閉的視野在神奇的大自然面前變得豁然開朗,而朋友迪康(安德魯諾特 Andrew Knott飾)更是在這裡和他的鳥兒朋友們聊天,祕密花園的大門就這樣通向了孩子們心中的天堂……