蝙蝠俠（麥可•基頓 Michael Keaton 飾）歸來了！自從打敗「小丑」後，高譚市獲得片刻的寧靜。然而，又一個強大的對手出現了！這次是脾氣乖張暴戾的「企鵝」。
「企鵝」因爲是次子，所以自幼就被父母遺棄，落下殘疾，導致「企鵝」對整個社會都心生不忿。長大後「企鵝」的企鵝決心殺回高譚市，將市內的長子都殺光，並控制整個高譚市。在迫使邪惡商人馬克斯（克里斯多福•沃肯 Christopher Walken 飾）幫忙後，「企鵝」順利當上了高譚市長。同時，馬克斯的祕書西莉婭（米歇爾•菲佛 Michelle Pfeiffer 飾）意外獲知了他們的祕密，在遭受他們迫害時意外獲得了超強能力，成爲了亦正亦邪的貓女。
蝙蝠俠這次將面臨「企鵝」和貓女的雙重挑戰！