1889年，世界正處於工業革命蓬勃發展的時代，國與國之間交往密切，距離一下子被拉近。然而貪婪仍是主流，歐洲列強在亞非地區展開掠奪，戰爭的陰影始終籠罩在世界的上空。當年在法國巴黎舉行的萬國博覽會上，酷愛發明的14少年讓（日高のり子 音）結識了來自馬戲團的女孩娜蒂婭（鷹森淑乃 音）。黑色的頭髮、褐色的皮膚以及周身散發的神祕氣質另讓倍感好奇，而他很快便和娜蒂婭捲入一場紛爭之中。鍾愛寶石的格蘭蒂斯及其兩個手下湯姆和漢森對娜蒂婭胸前佩戴的藍寶石展開圍追堵截，他們此時還不知道，這塊寶石隱藏著驚人的祕密。在接下來的日子裡，讓和娜蒂婭圍繞這顆寶石展開了一連串的大冒險……
本片根據科幻小說《海底兩萬里》和《神祕之島》改編。