轉眼間已經是1979年，第二代教父麥克•柯里昂（阿爾•帕西諾 飾）到了垂暮之年，爲了靈魂的救贖，麥克慢慢結束家族的黑道事業，轉投正當生意。
麥克的兒子托尼酷愛藝術，無意接手家族事業，麥可決定讓大哥遜尼的私生子，火爆好色的文森（安迪•加西亞 飾）繼承家業，當第三代教父。麥克的愛女瑪麗（索菲婭•科波拉 飾）和文森相戀，遭到父親的反對，父女漸漸疏遠。
爲了使家族資產合法化，麥克通過在梵蒂岡教廷的關係網，準備投資「屹立」集團，卻遭到敵人的暗中阻撓，教皇的去世也讓事情更加撲朔迷離。
麥克無奈之下，只能重新選擇用暴力解決問題，他的親人也被捲入了這場血雨腥風。