美國深海勘查潛艇「賽任1號」在一次例行任務中失事，當局命令潛艇設計師（主人公）組織一支由軍人和各類科學家構成的小隊，乘坐另一艘同型潛艇「賽任2號」下海救援「賽任1號」，成員裡面有兩個女性，其中一個是潛艇設計師的前妻。
搜索的線索是「賽任1號」上面的一隻「黑匣子」。救援隊據此潛航到一個非常隱蔽的海溝。途中這艘黃色潛艇被一個巨大的白色不明物體包裹住，艇長用電擊法驅走這個怪物。三名潛水員出艇勘查，發現這裡的海藻發生過變異，大得出奇。一名潛水員遭隱藏在海藻林間的異形生物突襲而亡，另兩名生還者採集了一些變異的海藻後返回潛艇。
潛艇爲了躲避變異生物的襲擊，進入了海溝內部探險，結果發現海溝最底部有一個巨大空洞，潛艇浮出水面，艇員們穿著如同太空衣的特種防護衣進入這個幽深的洞穴，發現內部竟然有人工開鑿的痕跡，裡面到處都是變異生物，有的類似巨型蜜蜂，有的類似海蛇和恐龍的...