該劇改編自貓膩同名暢銷小說，承接上季，范閒（張若昀 飾）率領使團回歸途中，二皇子以費介、范思轍以及滕家遺孤的安危來威脅范閒，逼他向自己俯首稱臣，二人的矛盾就此激發。范閒所面對的抱月樓迷局，以及接踵而至的春闈危機，都是二皇子精心給范閒布下的陷阱。
范閒與林婉兒如願大婚，緊接著，范閒接手內庫，卻發現內庫負債纍纍。 范閒拒絕了慶余堂大掌柜的相助，決定靠自己的力量解決內庫危機，范閒相約城中衆商賈相聚蒼山，以售賣「庫債」爲機籌集了兩千多萬銀兩，解決了內庫空虛問題。
懸空寺上，慶帝遭遇三連刺殺，范閒出手相救卻導致武功全廢。危機四伏，壓力陡增，范閒別無選擇，他必須以這樣的身體下江南，挑戰龐大的勢力與既定的遊戲規則，以求徹底奪回內庫。